В случае отказа в регистрации товарного знака пошлина не возвращается. Однако потеря пошлины - самая незначительная потеря. Как правило, возникают проблемы с изменением упаковки, вывески, доменного имени и т.д. Про пошлину уже никто не вспоминает.